優(yōu)點：

1、分辨率高，光學(xué)顯微鏡的分辨率為0.2μm，透射電子顯微鏡的分辨率為0.2nm，也就是說透射電子顯微鏡在光學(xué)顯微鏡的基礎(chǔ)上放大了1000倍。

2、透射式電子顯微鏡常用于觀察那些用普通顯微鏡所不能分辨的細(xì)微物質(zhì)結(jié)構(gòu)；掃描式電子顯微鏡主要用于觀察固體表面的形貌，也能與X射線衍射儀或電子能譜儀相結(jié)合，構(gòu)成電子微探針，用于物質(zhì)成分分析；發(fā)射式電子顯微鏡 用于自發(fā)射電子表面的研究。

缺點：

1、在電子顯微鏡中樣本必須在真空中觀察，因此無法觀察活樣本。隨著技術(shù)的進步，環(huán)境掃描電鏡將逐漸實現(xiàn)直接對活樣本的觀察；

2、在處理樣本時可能會產(chǎn)生樣本本來沒有的結(jié)構(gòu)，這加劇了此后分析圖像的難度；

3、由于電子散射能力極強，容易發(fā)生二次衍射等；

4、由于為三維物體的二維平面投影像，有時像不**；

5、由于透射電子顯微鏡只能觀察非常薄的樣本，而有可能物質(zhì)表面的結(jié)構(gòu)與物質(zhì)內(nèi)部的結(jié)構(gòu)不同；

6、超薄樣品（100納米以下），制樣過程復(fù)雜、困難，制樣有損傷；

7、電子束可能通過碰撞和加熱破壞樣本；

8、此外電子顯微鏡購買和維護的價格都比較高。